如何在Linux系统上成功安装R软件？

在Linux系统中安装R软件可以通过多种方法完成，具体步骤如下：

使用Conda安装R及其包

1、安装Conda：确保已安装Conda，如果未安装，请参考官方文档进行安装。

2、创建R环境：

创建一个新的名为“R”的环境：conda create -n R。

激活该环境：source activate R。

3、安装R：

查看可用的R版本：conda search r-base。

安装特定版本的R（例如4.3.0）：conda install r-base=4.3.0。

4、设置镜像：

打开.Rprofile文件：file.edit(file.path("~",".Rprofile"))。

编辑文件，添加以下内容以设置CRAN镜像：

     options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.pku.edu.cn/CRAN/","http://mirrors.aliyun.com/CRAN"))
     print("已设置北大阿里云镜像")

保存并退出编辑器，然后重新进入R环境以应用更改：q()，再次输入R。

5、安装BiocManager和常用R包：

安装BiocManager：if (!require("BiocManager",quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")。

安装特定版本的BiocManager（例如3.17）：BiocManager::install(version ="3.17")。

通过BiocManager安装其他R包，如limma：BiocManager::install("limma")。

直接在Ubuntu上安装R和RStudio

1、安装R：

更新索引：sudo apt update -qq。

安装帮助程序包：sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr。

添加R的存储库密钥：wget -qOhttps://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc。

添加R的存储库：sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"。

安装R：sudo apt install --no-install-recommends r-base。

2、安装RStudio：

下载RStudio的Debian安装包：wget -O R_studio.deb https://download1.rstudio.org/desktop/bionic/amd64/rstudio-1.3.1093-amd64.deb。

安装RStudio：sudo dpkg -i rstudio-2022.07.2-576-amd64.deb，如果出现错误，运行sudo apt-get install -f来修复依赖，然后再次尝试安装。

3、配置R源：

修改R的CRAN镜像为清华源：在终端输入options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))。

4、安装R包：

使用R自带的函数安装包：install.packages("package_name")。

使用BiocManager安装Bioconductor包：BiocManager::install("package_name")。

步骤提供了在Linux系统上安装R及其相关软件的详细指南，包括使用Conda和直接在Ubuntu上安装的方法，根据个人需求选择合适的安装方式，并确保按照步骤操作以避免潜在的问题。

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